Le lipide A est constitué de deux sucres aminés liés par une liaison bêta 1-6, phosphorylés et liés à des acides gras hydroxylés sur leur troisième atome de carbone ainsi qu'à un ou deux autres acides gras non hydroxylés. La nature des sucres aminés (glucosamines ou parfois 3-aminoglucosamine) ainsi que la nature et le nombre des acides gras sont variables selon les espèces bactériennes.
L'utilisation de lipide A obtenu par synthèse a permis de démontrer que le lipide A est bien responsable du pouvoir toxique du LPS. L'intégrité de la structure du lipide A est nécessaire à l'activité toxique car des dérivés de synthèse modifiés sont toujours moins actifs que la molécule originale.