Le financement des établissements publics et des établissements privés conventionnés est assuré conjointement par un financement public français (environ 40 %) et par la perception de frais d'écolage (pour les 60 % restant). Ces droits d'écolage (nom traditionnellement donné aux frais de scolarité) doivent être payés par les parents, mais un système de bourses permet une prise en charge de ceux-ci pour les enfants de nationalité française quand la situation des parents le justifie. Ces frais annuels sont, d’après le ministère français des affaires étrangères, en moyenne de 2 000 €, mais peuvent atteindre 8 000 € dans certains pays2.
Le président Sarkozy avait décidé d'instaurer progressivement la gratuité pour les enfants français (prise en charge valable pour la classe terminale dès 2007-2008, la première en 2008-2009 et la seconde en 2009-2010). Néanmoins, cette forme d'aide financière a été supprimée en juillet 2012, par le gouvernement de Jean-Marc Ayrault car il lui était reproché de mettre en difficulté de nombreux lycées qui ont dû augmenter parfois fortement les frais d’écolage des autres élèves, et qu'elle bénéficiait surtout à des familles expatriées aux salaires très élevés (les autres bénéficiant déjà des bourses avant la reforme) et aux entreprises qui prenaient auparavant en charge ces frais3.
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Certains établissements offrent la gratuité des frais de scolarités aux enfants de leurs personnels locaux, leur permettant ainsi de bénéficier de l'enseignement français auquel ils n'auraient pu avoir accès faute de moyens.
