Cette question nous avait déjà été posée, vous pouvez consulter notre réponse en cliquant ici. Les noms courants de ces pays ne sont pas d'un usage "correct". Il s'agit de raccourcis du langage : Israel n'est pas Israel, mais l'Etat d'Israel, Cuba est la République de Cuba, composée de plusieurs îles, dont l'île de Cuba et l'île aux Pins, Djibouti est la République de Djibouti, etc. Ceci dit, il s'agit d'une particularité propre à certaines langues que d'attribuer un article aux noms des pays, cela n'existe pas en anglais, par exemple, lorsque l'article ne fait pas partie du nom du pays (on dira France mais The United States).
L'Académie française considère les noms de pays sans article comme des exceptions :
Les noms de pays s’utilisent généralement avec l’article (la France, l’Allemagne) ; cependant, il existe quelques exceptions comme Israël, Monaco, Madagascar, Cuba, Taïwan ou encore Haïti.
L’article disparaît toujours avec la préposition « en » (en France). Il disparaît également après la préposition « de » indiquant l’origine : un tapis d’Iran, un vase de Chine. C’est surtout une question d’usage, et il n’y a pas de règle absolue, bien qu’il existe parfois une nuance de sens plus ou moins nette : par exemple, dans le gouvernement de la France ou l’économie de la France, la France est désignée à un moment de son histoire, tandis que dans l’ambassade de France, elle, est prise dans un sens intemporel.
Toutefois, l’article se maintient généralement lorsque le nom qui précède le pays est accompagné d’un adjectif : l’Histoire de France mais l’Histoire économique de la France.
Difficile donc de dégager une règle univoque...
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