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C'est juste pour la prononciation. Les 2 syntaxes sont justes. On peut aussi bien dire
En gros, on peut mettre l'on quand c'est précédé d'une voyelle pour faciliter la prononciation:
si l'on, où l'on...
et si c'est précédé de que, pour éviter le son con...
On dira donc plutôt que l'on que qu'on.
Mais une fois de plus, il n'y a pas de règle de grammaire derrière tout ça, et c'est vraiment pour la prononciation qu'on utilise "l'on"